Po wynalezieniu kontrowersyjnego lekarstwa po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów - Charlesa Xaviera (Patrick Stewart), nauczającego tolerancji i Magneto (Ian Mckellen), który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie - dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.