Po uratowaniu życia następcy starożytnego japońskiego klanu zwanego "Arashikage", Snake Eyes w podzięce zostaje przyjęty do pełnej tradycji i wartości rodziny. Pod czujnym okiem wojowników uczy się zwyczajów ninja i samej sztuki walki. Jednak, kiedy tajemnice z jego przeszłości zostają ujawnione, honor i lojalność Snake Eyes będą wystawione na próbę, co z czasem może nawet prowadzić do utraty zaufania przez najbliższych.