Oparta na faktach, "Colonia" opowiada historię Leny (Emma Watson) i Daniela (Daniel Brühl) - pary młodych uwikłanych w wojskowy przewrót w Chile w 1973 roku. Daniel zostaje uprowadzony przez tajną policję Pinocheta, po długich poszukiwaniach Lena lokalizuje go w zastrzeżonej placówce na południu kraju, zwanym Colonia Dignidad. Na zewnątrz Colonia wygląda na misję charytatywną, prowadzoną przez świeckiego pastora Paula Shafera (Michael Nyqvist), w rzeczywistości jest miejscem odosobnienia, z którego jeszcze nikt nie zdołał uciec. Lena postanawia przyłączyć się do grona mrocznych współwyznawców tego kultu, by odnaleźć Daniela.