Minęły dwa lata od tego, jak Ethan Hunt (Tom Cruise) schwytał Solomona Lane'a. Przestępcza organizacja Syndykat przekształciła się w Apostołów, a przywództwo objął tajemniczy fundamentalista John Lark. Planuje on zdobyć trzy rdzenie plutonu, które zagrożą bezpieczeństwu kraju. Ethan i jego zespół zostają wysłani do Berlina, aby je przechwycić. Misja wymyka się spod kontroli, a agent musi znaleźć broń atomową zanim będzie za późno.